系统上线后，效果非常好，帮助官方阻止了两起KB袭击。
而潘越名在之后发现，他的合作伙伴，也是他的挚友每天都用作为“后门”的应急预案偷偷获取本该被删除的“无关名单”，然后尝试去干预和拯救这些并非KB袭击的预期事故或犯罪事件，因为官方设置的严密保护和防火墙，他只能获取可能会发生的犯罪的罪犯或受害者的身份证号码。
事情暴露后，潘越名与挚友因为理念不合而翻脸，潘越名坚持机器应该用在预防KB袭击上，而不能肆意干涉正常社会的运转，这会带来非常危险的后果，每天那么多意外事故、那么多犯罪事件，你只能干预一个两个。
这跟人类的本性相关，“天下无罪”是个乌托邦的幻想，即便说服官方出手，把机器当作“犯罪先知”开始通过名单抓人，扫除犯罪，那么可能乌托邦没实现，反而释放了更可怕的潘多拉魔盒。
潘越名解除了好友同时也是他十几年的合作伙伴的的权限，将其赶出了公司。
没想到在与好友翻脸后不久，挚友就死于一场犯罪事件，而当潘越名进入机器，调取当天还未删除的“无关名单”时，发现他的挚友的身份证号就在这个“无关名单”中。
当“无关名单”跟他有关时，“无关名单”就不是一行行简单的数字了。
挚友的死亡让他的观念出现了改变，他决心继承挚友的遗愿，哪怕不能实现“天下无罪”的乌托邦，但是能救一个是一个。
每天出现又会在第二天零时删除的“无关名单”此时在他眼里已经不只是一行行数字了，而是一个个将会在一起起事故和罪案中失去生命的人。
以上就是这部剧的整体设定背景，这些“前因”并不会直接交代给观众，而是会在剧情中一点点透露，而《疑犯追踪》的故事开端会从这里展开，潘越名选中了一个因某个原因被开除的曾经破获过很多大案的老刑警，段毅弘。
潘越名雇佣段毅弘对机器产生的“无关名单”进行调查和干预。
“无关名单”中给出的身份证号或者是即将发生罪案的潜在罪犯，或者是受害者，而这些犯罪事件有预谋犯罪，也就激情犯罪，多年的矛盾积累被机器通过监控、电话及网络信息收集分析出可能会出现矛盾爆发。
总之第一季中基本保持着一集一个案子的节奏，潘越名每天交给段毅弘一个人名和照片信息，然后段毅弘通过跟踪和调查，或干预阻止犯罪，或及时报警通过官方力量来救人，阻止行凶过程。
因为按照设定，“无关名单”的号码可能是施害者，也可能是受害者，也有一个人既是加害者同时又是受害者的情况，而这都需要去调查才能确定，才能补完目标人物的人际关系、当前困境与潜在危险的来源。
所以剧情是相当有悬疑感的，是观众和主角们一起在接近真相，发现真相的过程，有极强的代入感。
当然，在过了几个案子后，段毅弘也发现交给他任务的潘越名并不简单，很多案子其实根本不是有长期预谋的犯罪，甚至都是市井小人物，涉及到各行各业，犯罪动机也是五花八门，这根本不是什么线人或者卧底能提前探知的。
所以段毅弘也开始试探并暗自调查潘越名，以及潘越名给的名单到底是从哪来的。
与此同时，段毅弘这个前刑警在很多案子中无所不在的痕迹，以及似乎能预知犯罪的奇怪之处也引起了警方的注意。
吴越扮演的刑警队长也跟段毅弘开始了合作、较量与试探。
所以这是一个潘越名、段毅弘与吴越三人合作、纠缠、较量、发现真相并最终志同道合的战友的故事。
当然《疑犯追踪》既然是部神剧，不会只是查案而已，第一季末尾就会有神转折。
在末尾三集，潘越名和段毅弘会发现他们调查的几个“无关名单”互相之间竟然有着神秘的联系，原来这是KB组织的“钓鱼”行动，他们察觉到了魔都发生的一些预先制止犯罪的痕迹，因此判断出有人在使用那个阻止他们发动KB袭击的机器用在制止普通犯罪方面。
因此KB组织想要通过钓鱼，引出被官方严格保密和保护的潘越名，从而获知机器的位置与弱点。
第一季的最后一集就是KB组织终于得知了机器的设计者，并且绑架了潘越名，而段毅弘则在无可奈何之下将希望放在了机器身上。
如果说第一季的故事是在能利用大数据预测犯罪的神秘机器设定下，通过“预知犯罪”到“制止犯罪”的故事的话，到了第二季就变成了人机大战或者机机大战。
KB组织也设计出了一个人工智能，名叫“幽灵”，他们想要通过“钓鱼”获知机器的准确位置和弱点，就是为了能让“幽灵”找到机器，并取而代之。
因为在官方的配合下，机器已经全面连接了人类社会的所有信息系统，这才能做到预测犯罪。
而如果“幽灵”能消灭机器，并且能悄无声息间取而代之，那就相当于被KB组织李代桃僵，通过“幽灵”统治世界，机器被潘越名和官方设定了种种限制，但是“幽灵”将是一个完全没有限制和顾忌的真正的“天网”！
当然机器也不是没有反抗之力的“傻白甜”人工智障，当“幽灵”找到机器的藏身之地时，机器已经带着自己的服务器失踪了。
第二季、第三季以及之后的内容就是一个对人类带有善意的人工智能与另一个KB组织设计出的对人类含有恶意的人工智能间的对抗，而主角团也跟机器一起对付“幽灵”与KB组织的阴谋。
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