面对残酷的官服，众多百姓心总愤怨，就在此时，信奉摩尼教的方腊，利用教义中的“二宗”（明、暗）、“三际”（过去、现在、未来）之说四处传道，得到广大农民的拥护，并且很快起义。
宋江造反后，也是率领军队攻下州府，杀富济贫等等，而方腊却弄出了更高明的造反模式。
方腊率众造反后，自称圣公，建元永乐，设置官吏将帅，以头巾区别等级，从红巾往上分六等。
造反之初，方腊军弄不到弓箭、武器和盔甲等军资，所以便用摩尼教的鬼神之事互相煽动，焚烧房舍，掠金帛子女，诱逼良民加入起义军。
使用这种卑劣的手法后，不到十天就有数万人自愿或是被迫的参加方腊的军队，并在息坑打败并杀死宋将蔡遵。
随后攻占青溪和睦、歙二州。向南面攻克衢州，杀死郡守彭汝方；北面横扫新城、桐庐、富阳各县，进逼杭州。杭州郡守弃城逃走。
方腊的大军占领杭州后，杀死城中的制置使陈建、廉访使赵约，并在城中放火烧了六天，死者不计其数。
这些已经被鲜血和愤怒冲昏头脑的民众，凡是抓住到大宋的官吏，那就要割其肉，断其体，取其肺肠，或者熬成膏油，乱箭穿身，用各种办法折磨他们，讨还血债，以解多年积攒下来的心头之恨。
算上最南方的李南，大宋朝同时出现了三伙起义军，这让东京城的徽宗赵佶怒不可遏，连忙下旨命附近州府驻扎的厢军前往平叛。
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